Die Region, in der sich heute der Bundesstaat Amapá befindet, wurde einst dem Portugiesen Bento Manuel Parente im Jahr 1637, unter dem Namen “Capitania da Costa do Cabo do Norte“ geschenkt. Gegen Ende des gleichen Jahrhunderts versuchten Engländer und dann Holländer sich dort festzusetzen, wurden aber von den Portugiesen vertrieben. Auch die Franzosen, aus Guyana eindringend, versuchten im 18. Jahrhundert, sich das Gebiet unter den Nagel zu reissen (1713) – obwohl der Vertrag von Utrecht die Grenzen zwischen Brasilien und Französisch Guyana genau festgelegt hatte – aber sie wurden von den Franzosen nicht respektiert. Die Portugiesen errichteten daraufhin das Fort São José do Macapá, um ihre Grenzen gegen die Invasionen der Franzosen zu schützen.
Die Bevölkerung des Territoriums begann zu wachsen während des 19. Jahrhunderts, als man dort reiche Goldfunde gemacht hatte – ausserdem war die Latex-Extraktion in Amazonien enorm am wachsen und erzielte Spitzenpreise auf dem Weltmarkt. Allerdings provozierten jene Entdeckungen der Naturschätze auch die territorialen Konflikte, welche im Mai 1895 mit einer erneuten Invasion der Franzosen gipfelte. Das Schiedsgericht in Genf, am 1. Januar 1900, sprach Brasilien den Besitz der Region zu, und das Territorium wurde in den Bundesstaat Pará integriert, mit dem Namen Araguari.
1943 übernahm die Landesregierung die Administration des Territoriums unter dem neuen Namen “Amapá“. 1945 revolutionierte die Entdeckung reicher Mangan-Lager in der Serra do Navio die lokale Wirtschaft. Man nahm eine Teilung der Region in zwei Munizipien vor – der Teil oberhalb des Rio Cassiporé wurde zum Munizip Oiapoque. Im Dezember 1957 erfolgte dann eine weitere munizipale Trennung mit der Schaffung des Munizips Calçoene und der damit verbundenen Übergabe im Norden der Flüsse Amapá Grande und Mutum. Die neue Verfassung, geändert am 5.Oktober 1988 erhob schliesslich das Territorium Amapá in den Status eines Bundesstaates der Föderation Brasilien.
