Auf Widerstand stößt der Bau der Stauanlagen und Wasserkraftwerke im Becken eines der letzten großen naturbelassenen Flüsse des Amazonas-Regenwaldes, des Flusses Tapajós. Dort sind mehrere indigene Völker und traditionelle Flussanwohner von den Baumaßnahmen betroffen. Im Genehmigungsverfahren wurden sie allerdings nicht ausreichend beachtet, wie vom Staatsministerium des Bundesstaates Pará kritisiert wird. Verschiedene Indiogruppen versuchen deshalb, mit friedlichen Mitteln auf die Beeinflussung ihres Lebensraumes aufmerksam zu machen. Unterstützung erhalten sie von Nichtregierungsorganisationen, Kirchenvertretern und selbst Behörden.
Angesichts der Dürre im dichtbesiedelten und industriell geprägten Südosten Brasiliens und den damit einhergehenden Energieproblemen wird der Ruf nach dem umgehenden Bau weiterer Kraftwerke immer stärker. Von der Regierung sind schon seit längerem sowohl an verschiedenen Orten im Amazonas-Regenwald als auch anderen Regionen Brasiliens entsprechende Projekte vorgesehen. Allerdings ziehen sich diese aufgrund verschiedener Probleme hin. Beim Kraftwerk São Manoel an der Grenze der beiden Bundesstaaten Pará und Mato Grosso hatte das Staatsministerium beispielsweise einen vorübergehenden Baustopp erwirkt. Begründet wurde dieser damit, dass nicht alle der gesetzlichen Vorschriften zum Schutz der lokalen Bevölkerung beim Genehmigungsverfahren beachtet worden sind.
Nach Angaben des Staatsministeriums sind in São Manoel von den Baumaßnahmen unter anderem die indigenen Völker der Mundurukus, Apiakás und Kayabis sowie isoliert lebende Indiogruppen betroffen, die bisher keinen Kontakt zur sogenannten Zivilbevölkerung pflegen. Schon Ende 2014 hatten verschiedene Organisationen und Indios zu einer Karawane der Bewegung „Tapajós Vivo“ (Lebendiger Tapajós) aufgerufen. Hunderte Menschen beteiligten sich an dieser Demonstration gegen das Wasserkraft Werk São Luiz do Tapajós, unter ihnen auch der Professor der Universität São Paulos (USP), Célio Berman. Er fordert, dass die betroffenen Menschen schon während des Planungsverfahrens zu möglichen Vorhaben gehört und in den Prozess eingegliedert werden. Der in der Gegenbewegung ebenso aktive Pater Edilberto Sena formuliert es drastischer. Seiner Meinung nach hat die Regierung nicht das Recht die Grundrechte der Völker des Tapajós zu verletzen, nur um für die großen Unternehmen des Südens Energie produzieren zu können.
São Luiz ist eine der größten derzeit geplanten Wasserkraftanlagen. Mit der umgerechnet zehn Milliarden Euro teuren Anlage sollen einmal 8.000 Megawatt Strom erzeugt werden.
